Apontado anteriormente como um trunfo para Jorge Messias, o apoio do ministro do STF André Mendonça acabou prejudicando as chances do titular da AGU na avaliação de integrantes do Senado Federal e do governo Lula. Mendonça é o relator do caso do Banco Master, que envolve o ministro Alexandre de Moraes e diversos políticos próximos ao ex-banqueiro Daniel Vorcaro, especialmente do centrão. A percepção é que Messias deixou claro que se tornaria um dos principais aliados de Mendonça no Supremo, fortalecendo as investigações, o que intimidou parte do Senado e da própria corte.

Um dos focos do inquérito é o investimento realizado pela Amprev, gestora do regime próprio de previdência do Amapá, no Banco Master. O ex-diretor-presidente da Amprev, Jocildo Silva Lemos, alvo da Polícia Federal em fevereiro, foi indicado ao cargo pelo presidente do Senado, Davi Alcolumbre. Na quarta-feira, 29, o nome de Messias para uma vaga no STF foi rejeitado pelo Senado de forma histórica, com 34 votos a favor e 42 contra, um placar oposto ao necessário, já que ele precisava de pelo menos 41 dos 81 votos.

Uma pessoa próxima a Lula afirmou que Messias foi vítima de uma ação entre amigos que buscavam uma blindagem no caso do Banco Master, uma articulação considerada suprapartidária. Colaboradores do presidente acreditam que a chegada de Messias mudaria a correlação de forças no tribunal. Aliados de Lula lembram que Messias contrariou Moraes, Flávio Dino e Gilmar Mendes ao não apoiar seus indicados para tribunais regionais e cortes superiores. Durante a sabatina, o senador Alessandro Vieira disse a Messias que havia ministros na Suprema Corte que trabalhavam abertamente contra sua indicação.

A participação de Mendonça no processo também pode ter afetado o ego do presidente do Senado, devido ao embate entre os dois ocorrido cinco anos atrás, quando Alcolumbre era presidente da CCJ. Em 2021, o senador tentou forçar o ex-presidente Jair Bolsonaro a trocar a indicação de Mendonça pelo ex-procurador-geral da República Augusto Aras, levando mais de quatro meses para marcar a sabatina. O presidente do Senado atuou pessoalmente para que Messias fosse derrotado na votação. Parlamentares e integrantes do governo, sob reserva, consideram que a aliança de Messias com Mendonça pode explicar a fúria do senador.

O resultado da votação contra Messias também demonstrou que o apoio de Mendonça não garantiu os votos bolsonaristas. O magistrado buscou apoio de senadores próximos, mas sem sucesso. A campanha de Mendonça, que foi classificado como "terrivelmente evangélico" por Bolsonaro, também não teve impacto entre o grupo religioso. Parlamentares que contaram os votos afirmam que Messias esperava o apoio de alguns senadores evangélicos, o que não ocorreu. O presidente da CCJ, Otto Alencar, comentou que os bispos que estiveram no Senado não conseguiram convencer os senadores evangélicos, apesar dos esforços.